SIMAP@home
SIMAP — расшифровывается как «Similarity Matrix of Proteins», представляет собой базу данных о сходстве белков, созданную с помощью добровольных вычислений, которая свободно доступна для научных целей. SIMAP использует алгоритм FASTA для предвычисления сходства белков, пока другое приложение использует скрытую Марковскую модель для поиска доменов белка. SIMAP является совместным проектом Мюнхенского технического университета и Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге. В четвертом квартале 2010 года, проект переехал в Венский университет. C 2011 года, данные SIMAP используются в базе данных белок-белковых взаимодействий STRING (с версии 9.0), вместо данных BLAST, выполненных для предыдущих версий STRING. Проект обычно выдает задания в начале каждого месяца. Проект SIMAP закрыт в 2014 году. Разработчиками анонсирован SIMAP 2.
| SIMAP | |
|---|---|
| Тип | Распределённые вычисления |
| Операционная система | Кроссплатформенное ПО |
| Дата выпуска | 26 апреля 2006 |
| Аппаратная платформа | x86 |
| Последняя версия |
• simap (Windows): 5.10 • simap (Windows x64): 5.12 • simap (Linux): 5.11 • hmmer (Windows): 5.09 • hmmer (Linux): 5.09 |
| Состояние | Завершен |
| Сайт | boincsimap.org/boincsimap/ |
SIMAP — расшифровывается как «Similarity Matrix of Proteins», представляет собой базу данных о сходстве белков, созданную с помощью добровольных вычислений, которая свободно доступна для научных целей. SIMAP использует алгоритм FASTA для предвычисления сходства белков, пока другое приложение использует скрытую Марковскую модель для поиска доменов белка.
SIMAP является совместным проектом Мюнхенского технического университета и Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге.
В четвертом квартале 2010 года, проект переехал в Венский университет.
C 2011 года, данные SIMAP используются в базе данных белок-белковых взаимодействий STRING (с версии 9.0), вместо данных BLAST, выполненных для предыдущих версий STRING[1][2].
Проект обычно выдает задания в начале каждого месяца.
Проект SIMAP закрыт в 2014 году. Разработчиками анонсирован SIMAP 2.
SIMAP 2
[править | править код]В проекте рассчитывается сходство посредством алгоритма Смита — Ватермана[3].
Примечания
[править | править код]- ↑ STRING — Known and Predicted Protein-Protein Interactions. Дата обращения: 5 августа 2011. Архивировано 23 июля 2010 года.
- ↑ Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Minguez P, Doerks T, Stark M, Muller J, Bork P, Jensen LJ, von Mering C. The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored.
- ↑ Sequence alignment calculation in SIMAP 2.0. Архивировано 11 января 2015 года.
Литература
[править | править код]- Arnold R., Rattei T, Tischler P., Truong M.D., Stumpflen V., Mewes W. SIMAP—the similarity matrix of proteins, Bioinformatics (Oxford, England), September 01, 2005. Архивная копия от 4 июля 2008 на Wayback Machine
- Garcia M.C., Sanz-Bobia M. A., Picob J.SIMAP: Intelligent System for Predictive Maintenance: Application to the health condition monitoring of a windturbine gearbox, 2006. (недоступная ссылка)
- Rattei T., Tischler P., Arnold R., Hamberger F., Krebs J., Krumsiek J., Wachinger B., Stümpflen V., Mewes W. SIMAP—structuring the network of protein similarities, 2007
- H. Werner Mewes, Andreas Ruepp, Fabian Theis, Thomas Rattei, Mathias Walter, Dmitrij Frishman, Karsten Suhre, Manuel Spannagl, Klaus F.X. Mayer, Volker Stumpflen and Alexey Antonov. MIPS: curated databases and comprehensive secondary data resources in 2010
Ссылки
[править | править код]
