PyMOL
PyMOL é um software de fonte disponível de um sistema de visualização de moléculas criado por Warren Lyford DeLano. Foi comercializado inicialmente pela DeLano Scientific LLC, que era uma empresa de software privada dedicada a criar ferramentas úteis que se tornassem acessíveis universalmente para as comunidades científicas e educativas. Atualmente é comercializado pela Schrödinger, Inc. Como a licença de software original era uma licença permissiva, puderam retirá-la e as novas versões já não saem com a Licença Python, mas sim com uma licença de uso de serviço (garantindo um uso amplo, redistribuição e direitos de modificação, mas atribuindo o copyright de qualquer versão à Schrödinger, LLC.), e alguns dos códigos-fonte já não estão libertados. O PyMOL pode produzir imagens tridimensionais de alta qualidade de pequenas moléculas e macromoléculas biológicas, como proteínas, sendo um programa muito utilizado. PyMOL é uma das poucas ferramentas de visualização principalmente de modelo de fonte aberta disponíveis para o uso em biologia estrutural. A parte Py do nome do programa refere-se ao facto de o programa ter sido escrito na linguagem de programação Python. O PyMOL usa OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) e FreeGLUT, e pode resolver equações de Poisson-Boltzmann usando o Adaptive Poisson Boltzmann Solver. O PyMOL usou Tk para os widgets GUI e tinha binários nativos Aqua para macOS através da Schrödinger, que foram substituídos por uma interface de utilizador PyQt em todas as plataformas quando saiu a versão 2.0. Nas representações feitas com o PyMOL é atribuído um código de cores aos elementos da tabela periódica.
| PyMOL | |
|---|---|
 Uma instância PyMOL, com o visualizador e o GUI visíveis. | |
| Autor | Warren Lyford DeLano |
| Desenvolvedores | Schrödinger, Inc. |
| Lançamento inicial | 2000 |
| Lançamento estável | 2.0.4
/ 13/10/2017 |
| Repositório | |
| Escrito em | C, C++, Python |
| Sistema operacional | Plataforma cruzada: macOS, Unix, Linux, Windows |
| Tipo | Modelagem molecular |
| Licença | Python License[1] |
| Website | www.pymol.org |
PyMOL é um software de fonte disponível[3] de um sistema de visualização de moléculas criado por Warren Lyford DeLano. Foi comercializado inicialmente pela DeLano Scientific LLC, que era uma empresa de software privada dedicada a criar ferramentas úteis que se tornassem acessíveis universalmente para as comunidades científicas e educativas. Atualmente é comercializado pela Schrödinger, Inc.
Como a licença de software original era uma licença permissiva, puderam retirá-la e as novas versões já não saem com a Licença Python, mas sim com uma licença de uso de serviço (garantindo um uso amplo, redistribuição e direitos de modificação, mas atribuindo o copyright de qualquer versão à Schrödinger, LLC.),[3] e alguns dos códigos-fonte já não estão libertados.[4] O PyMOL pode produzir imagens tridimensionais de alta qualidade de pequenas moléculas e macromoléculas biológicas, como proteínas, sendo um programa muito utilizado.
PyMOL é uma das poucas ferramentas de visualização principalmente de modelo de fonte aberta disponíveis para o uso em biologia estrutural. A parte Py do nome do programa refere-se ao facto de o programa ter sido escrito na linguagem de programação Python.
O PyMOL usa OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) e FreeGLUT, e pode resolver equações de Poisson-Boltzmann usando o Adaptive Poisson Boltzmann Solver.[5] O PyMOL usou Tk para os widgets GUI e tinha binários nativos Aqua para macOS através da Schrödinger, que foram substituídos por uma interface de utilizador PyQt em todas as plataformas quando saiu a versão 2.0.[6]
Nas representações feitas com o PyMOL é atribuído um código de cores aos elementos da tabela periódica.[7]
Galeria
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Exemplo de algumas características de edição de moléculas do PyMOL, rotação de ligação diedra e relaxação molecular interativa com Sculpting mode. Estas são características úteis para preparar a geometria de input para o software de química quântica.
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Referências
- ↑ «PyMOL Molecular Graphics System». SourceForge
- ↑ «PyMOL Molecular Graphics System». SourceForge. 2 de junho de 2020
- ↑ a b c «Open-Source PyMOL». Schrodinger, Inc. 5 de novembro de 2021. Consultado em 7 de novembro de 2021
- ↑ «PyMOL | pymol.org». pymol.org. Consultado em 7 de novembro de 2021.
Filosofia de fonte aberta
PyMOL é um produto comercial, mas fazemos com que a maioria das suas fontes seja livremente disponível sob uma licença permissiva. O projeto de fonte aberta é mantido pela Schrödinger e finalmente financiado por qualquer pessoa que compre uma licença PyMOL.
A fonte aberta permite uma ciência aberta.
Esta era a ideia do autor do PyMOL original Warren L. DeLano. - ↑ «APBS». poissonboltzmann.org. Consultado em 7 de outubro de 2020. Arquivado do original em 24 de fevereiro de 2020
- ↑ «PyMOL v2.0 Release Notes»
- ↑ «Color Values». pymolwiki. 2010. Consultado em 4 de setembro de 2021
Ver também
[editar | editar código]Outros artigos
[editar | editar código]Ligações externas
[editar | editar código]
- Página web oficial
- PyMOL Wiki
- Read-only PyMOL Wiki Mirror
- Schrödinger LLC
- Fazer filmes de moléculas com o PyMOL
- PyMOL no Flathub