BioPerl

BioPerl
BioPerl
Lançamento inicial	11 de junho de 2002; há 23 anos
Lançamento estável	1.6.923 / 19 de dezembro de 2013; há 12 anos
Repositório	github.com/bioperl/bioperl-live ;
Escrito em	Perl
Sistema; operacional	Macintosh, Windows, Unix-like
Tipo	Bioinformática
Licença	Licença artística (software) e GPL
Website	bioperl.org

BioPerl^[1] é uma coleção de módulos Perl que facilitam o desenvolvimentode scripts Perl para aplcações de bioinformática. Ele desempenhou um papel integral no Projeto Genoma Humano.^[2] O projeto fornece kits de ferramentas com múltiplas funções que tornam mais fácil a criação de análises ou pipelines customizados.^[3]

É um projeto de software ativo de código aberto apoiado pela Open Bioinformatics Foundation.

Sua história pode ser traçada desde uma lista de discussão em setembro 1996 discussion. A primeira versão estável foi lançada em 11 de Junho de 2002; a versão estável mais recente (em termos de API) é a release 1.6.1 de outubro de 2009. Há também versões de desenvolvedores produzidas periodicamente. A versão 1.6.0 é considerada a mais estável versão (em termos de bugs) de BioPerl e é recomendada para uso diário, mas a versão "nightly builds" também é extremamente estável, e muitos usuários BioPerl ficam atualmente com esta.

A fim de tirar vantagem do BioPerl, o usuário precisa de um entendimento básico da linguagem de programação Perl, incluindo uma compreensão de como usar referências Perl, módulos, objetos e métodos.

Características

BioPerl fornece módulos de software para muitas das tarefas típicas da programação para bioinformática. Estes incluem:

Acessar dados de sequências de nucleótideos e peptídeos a partir de bases de dados locais e remotas.
Transformar formatos de banco de dados/arquivo de registros
Manipulatar sequências individuais
Buscar por sequências similares
Criar e manipular alinhamentos de seqüências
Procurar por genes e outras estruturas no ADN genômico
Desenvolvimento de máquina de seqüências de anotação de genoma legíveis

Uso

Além de ser usado diretamente pelos usuários finais^[4], BioPerl também fornece a base para uma ampla variedade de ferramentas de bioinformática, incluindo entre outras:

SynBrowse^[5]
GeneComber^[6]
TFBS^[7]
MIMOX^[8]
BioParser^[9]
Desenho de primers degenerados^[10]
Consultando as bases de dados públicas^[11]
Tabela comparativa atual^[12]

Novas ferramentas e algoritmos de desenvolvedores externos são frequentemente integrados diretamente ao próprio BioPerl:

Lidando com árvores filogenéticas e taxa aninhadas^[13]
FPC Web tools^[14]

Ver também

Referências

↑ Stajich J, Block D, Boulez K, Brenner S, Chervitz S, Dagdigian C, Fuellen G, Gilbert J, Korf I, Lapp H, Lehväslaiho H, Matsalla C, Mungall C, Osborne B, Pocock M, Schattner P, Senger M, Stein L, Stupka E, Wilkinson M, Birney E (2002). «The Bioperl Toolkit: Perl Modules for the Life Sciences». Genome Res. 12 (10). p. 1611–8. PMC 187536. PMID 12368254. doi:10.1101/gr.361602
↑ Lincoln Stein (1996). «How Perl saved the human genome project». The Perl Journal. 1 (2)
↑ Mangalam, Harry (setembro de 2002). «The Bio* toolkits--a brief overview». Brief Bioinform. 3 (3). p. 296-302. ISSN 1467-5463. PMID 12230038. doi:10.1093/bib/3.3.296
↑ Khaja, R.; MacDonald, J.; Zhang, J.; Scherer, S. (2006). «Methods for identifying and mapping recent segmental and gene duplications in eukaryotic genomes». Methods Mol Biol. 338. p. 9–20. ISBN 1-59745-097-9. PMID 16888347. doi:10.1385/1-59745-097-9:9
↑ Pan X, Stein L, Brendel V (2005). «SynBrowse: a synteny browser for comparative sequence analysis». Bioinformatics. 21 (17). p. 3461–8. PMID 15994196. doi:10.1093/bioinformatics/bti555
↑ Shah S, McVicker G, Mackworth A, Rogic S, Ouellette B (2003). «GeneComber: combining outputs of gene prediction programs for improved results». Bioinformatics. 19 (10). p. 1296–7. PMID 12835277. doi:10.1093/bioinformatics/btg139
↑ Lenhard B, Wasserman W (2002). «TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis». Bioinformatics. 18 (8). p. 1135–6. PMID 12176838. doi:10.1093/bioinformatics/18.8.1135
↑ Huang J, Gutteridge A, Honda W, Kanehisa M (2006). «MIMOX: a web tool for phage display based epitope mapping». BMC Bioinformatics. 7. p. 451. PMC 1618411. PMID 17038191. doi:10.1186/1471-2105-7-451
↑ Catanho M, Mascarenhas D, Degrave W, de Miranda A (2006). «BioParser: a tool for processing of sequence similarity analysis reports». Appl Bioinformatics. 5 (1). p. 49–53. PMID 16539538. doi:10.2165/00822942-200605010-00007
↑ Wei X, Kuhn D, Narasimhan G (2003). «Degenerate primer design via clustering». Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf. 2. p. 75–83. PMID 16452781
↑ Croce O, Lamarre M, Christen R (2006). «Querying the public databases for sequences using complex keywords contained in the feature lines». BMC Bioinformatics. 7. p. 45. PMC 1403806. PMID 16441875. doi:10.1186/1471-2105-7-45
↑ Landsteiner B, Olson M, Rutherford R (2005). «Current Comparative Table (CCT) automates customized searches of dynamic biological databases». Nucleic Acids Res. 33 (Web Server issue). p. W770–3. PMC 1160193. PMID 15980582. doi:10.1093/nar/gki432
↑ Llabrés M, Rocha J, Rosselló F, Valiente G (2006). «On the ancestral compatibility of two phylogenetic trees with nested taxa». J Math Biol. 53 (3). p. 340–64. PMID 16823581. doi:10.1007/s00285-006-0011-4
↑ Pampanwar V, Engler F, Hatfield J, Blundy S, Gupta G, Soderlund C (2005). «FPC Web Tools for Rice, Maize, and Distribution». Plant Physiol. 138 (1). p. 116–26. PMC 1104167. PMID 15888684. doi:10.1104/pp.104.056291

Ligações externas

BioPerl.org
A tutorial para usar BioPerl
HOWTO documentação para uso do BioPerl
BioPerl.net

[1] Stajich J, Block D, Boulez K, Brenner S, Chervitz S, Dagdigian C, Fuellen G, Gilbert J, Korf I, Lapp H, Lehväslaiho H, Matsalla C, Mungall C, Osborne B, Pocock M, Schattner P, Senger M, Stein L, Stupka E, Wilkinson M, Birney E (2002). «The Bioperl Toolkit: Perl Modules for the Life Sciences». Genome Res. 12 (10). p. 1611–8. PMC 187536. PMID 12368254. doi:10.1101/gr.361602

[2] Lincoln Stein (1996). «How Perl saved the human genome project». The Perl Journal. 1 (2)

[bio-3] Mangalam, Harry (setembro de 2002). «The Bio* toolkits--a brief overview». Brief Bioinform. 3 (3). p. 296-302. ISSN 1467-5463. PMID 12230038. doi:10.1093/bib/3.3.296

[4] Khaja, R.; MacDonald, J.; Zhang, J.; Scherer, S. (2006). «Methods for identifying and mapping recent segmental and gene duplications in eukaryotic genomes». Methods Mol Biol. 338. p. 9–20. ISBN 1-59745-097-9. PMID 16888347. doi:10.1385/1-59745-097-9:9

[5] Pan X, Stein L, Brendel V (2005). «SynBrowse: a synteny browser for comparative sequence analysis». Bioinformatics. 21 (17). p. 3461–8. PMID 15994196. doi:10.1093/bioinformatics/bti555

[6] Shah S, McVicker G, Mackworth A, Rogic S, Ouellette B (2003). «GeneComber: combining outputs of gene prediction programs for improved results». Bioinformatics. 19 (10). p. 1296–7. PMID 12835277. doi:10.1093/bioinformatics/btg139

[7] Lenhard B, Wasserman W (2002). «TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis». Bioinformatics. 18 (8). p. 1135–6. PMID 12176838. doi:10.1093/bioinformatics/18.8.1135

[8] Huang J, Gutteridge A, Honda W, Kanehisa M (2006). «MIMOX: a web tool for phage display based epitope mapping». BMC Bioinformatics. 7. p. 451. PMC 1618411. PMID 17038191. doi:10.1186/1471-2105-7-451

[9] Catanho M, Mascarenhas D, Degrave W, de Miranda A (2006). «BioParser: a tool for processing of sequence similarity analysis reports». Appl Bioinformatics. 5 (1). p. 49–53. PMID 16539538. doi:10.2165/00822942-200605010-00007

[10] Wei X, Kuhn D, Narasimhan G (2003). «Degenerate primer design via clustering». Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf. 2. p. 75–83. PMID 16452781

[11] Croce O, Lamarre M, Christen R (2006). «Querying the public databases for sequences using complex keywords contained in the feature lines». BMC Bioinformatics. 7. p. 45. PMC 1403806. PMID 16441875. doi:10.1186/1471-2105-7-45

[12] Landsteiner B, Olson M, Rutherford R (2005). «Current Comparative Table (CCT) automates customized searches of dynamic biological databases». Nucleic Acids Res. 33 (Web Server issue). p. W770–3. PMC 1160193. PMID 15980582. doi:10.1093/nar/gki432

[13] Llabrés M, Rocha J, Rosselló F, Valiente G (2006). «On the ancestral compatibility of two phylogenetic trees with nested taxa». J Math Biol. 53 (3). p. 340–64. PMID 16823581. doi:10.1007/s00285-006-0011-4

[14] Pampanwar V, Engler F, Hatfield J, Blundy S, Gupta G, Soderlund C (2005). «FPC Web Tools for Rice, Maize, and Distribution». Plant Physiol. 138 (1). p. 116–26. PMC 1104167. PMID 15888684. doi:10.1104/pp.104.056291

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