MODELLER
MODELLER（モデラー）は、タンパク質三次構造ならびに（稀にではあるが）四次構造のホモロジーモデルを構築するために使われるコンピュータプログラムである。MODELLERには「空間的制約の充足」として知られる核磁気共鳴 (NMR) から着想を得た技術が実装されている。この技術では、幾何学的基準のセットがタンパク質内のそれぞれの原子の位置の確率密度関数を作るために使用される。この手法はモデリングする標的アミノ酸配列（シーケンス）と構造が解かれているテンプレート（鋳型）タンパク質との間のシーケンスアラインメントに頼っている。 このプログラムは、相同なタンパク質間でもしばしば高度に可変であるためホモロジーモデリングによる予測が困難なタンパク質のループ領域のde novoタンパク質立体構造予測のための限られた機能も取り込んでいる。 MODELLERはもとはカリフォルニア大学サンフランシスコ校のアンドレイ・シャリによって書かれ、現在もメンテナンスが行われている。学術的用途には無償で利用可能であるが、グラフィカルユーザインタフェース・商用版がAccelrysによって配布されている。EasyModellerと呼ばれるMODELLERの無料GUIはインド・ハイデラバード大学のKuntal Kumar Bhusanによって開発された。また、UCSF ChimeraにもMODELLERの単純なインターフェースが含まれている。JAVAベースのGUIであるSWIFT MODELLERも無料で配布されている。
| 作者 | アンドレイ・シャリ |
|---|---|
| 開発元 | カリフォルニア大学サンフランシスコ校、Accelrys |
| 初版 | 1989年 |
| 最新版 |
10.2
/ 2021年11月30日 |
| 対応OS | Unix, Linux, macOS, Windows |
| プラットフォーム | x86, x86-64 |
| 対応言語 | 英語 |
| サポート状況 | Active |
| 種別 | タンパク質のホモロジーモデリング |
| ライセンス | プロプライエタリ: 学術非営利向けフリーウェア、商用ソフトウェア |
| 公式サイト | salilab.org/modeller |
MODELLER（モデラー）は、タンパク質三次構造ならびに（稀にではあるが）四次構造のホモロジーモデルを構築するために使われるコンピュータプログラムである[1][2]。MODELLERには「空間的制約の充足」として知られる核磁気共鳴 (NMR) から着想を得た技術が実装されている。この技術では、幾何学的基準のセットがタンパク質内のそれぞれの原子の位置の確率密度関数を作るために使用される。この手法はモデリングする標的アミノ酸配列（シーケンス）と構造が解かれているテンプレート（鋳型）タンパク質との間のシーケンスアラインメントに頼っている。
このプログラムは、相同なタンパク質間でもしばしば高度に可変であるためホモロジーモデリングによる予測が困難なタンパク質のループ領域のde novoタンパク質立体構造予測のための限られた機能も取り込んでいる。
MODELLERはもとはカリフォルニア大学サンフランシスコ校のアンドレイ・シャリによって書かれ、現在もメンテナンスが行われている[3]。学術的用途には無償で利用可能であるが、グラフィカルユーザインタフェース・商用版がAccelrysによって配布されている。EasyModeller[4][5]と呼ばれるMODELLERの無料GUIはインド・ハイデラバード大学のKuntal Kumar Bhusanによって開発された。また、UCSF ChimeraにもMODELLERの単純なインターフェースが含まれている。JAVAベースのGUIであるSWIFT MODELLERも無料で配布されている[6][7]。
脚注
[編集]- ^ Fiser A, Sali A (2003). “Modeller: generation and refinement of homology-based protein structure models”. Meth. Enzymol. 374: 461–91. doi:10.1016/S0076-6879(03)74020-8. PMID 14696385.
- ^ Martí-Renom MA, Stuart AC, Fiser A, Sánchez R, Melo F, Sali A (2000). “Comparative protein structure modeling of genes and genomes”. Annu Rev Biophys Biomol Struct 29: 291–325. doi:10.1146/annurev.biophys.29.1.291. PMID 10940251.
- ^ Sali A, Blundell TL (December 1993). “Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints”. J. Mol. Biol. 234 (3): 779–815. doi:10.1006/jmbi.1993.1626. PMID 8254673.
- ^ Kuntal BK, Aparoy P, Reddanna P (2010). “EasyModeller: A graphical interface to MODELLER”. BMC Res. Notes 3: 226. doi:10.1186/1756-0500-3-226
{{doi}}: 明示されていないフリーアクセスDOI (カテゴリ). PMC 2936912. PMID 20712861. - ^ Prof. Reddanna research group. “EasyModeller: A GUI for MODELLER”. 2012年1月19日閲覧。
- ^ Mathur A, Shankaracharya, Vidyarthi AS (2011). “SWIFT MODELLER: a Java based GUI for molecular modeling”. J. Mol. Model. 17 (10): 2601-2607. doi:10.1007/s00894-011-0960-4. PMID 21258829.
- ^ “SWIFT MODELLER - Introduction”. Department of Biotechnology, Birla Institute of Technology. 2012年1月19日閲覧。
関連項目
[編集]外部リンク
[編集]- MODELLER
- EasyModeller: A GUI to MODELLER
- UCSF Chimera interface to MODELLER
- SWIFT MODELLER - a GUI to MODELLER