Cyrus Chothia
Cyrus Homi Chothia (19 février 1942 – 26 novembre 2019) est un biochimiste britannique qui a travaillé au Laboratoire de biologie moléculaire (LMB) du Medical Research Council (MRC) de l'Université de Cambridge et membre émérite du Wolfson College de Cambridge.
| Naissance | |
|---|---|
| Décès | |
| Nom de naissance |
Cyrus Homi Chothia |
| Nationalité | |
| Formation |
University College de Londres Université de Durham Birkbeck College Alleyn's School (en) |
| Activité |
| A travaillé pour | |
|---|---|
| Membre de |
Royal Society (2000) |
| Directeur de thèse |
Peter Pauling (d) |
| Site web | |
| Distinctions |
ISCB Senior Scientist Award (2015) ISCB Fellow (2015) Prix Dan-David (2015) |
Cyrus Homi Chothia (19 février 1942 – 26 novembre 2019)[1],[2] est un biochimiste britannique qui a travaillé au Laboratoire de biologie moléculaire (LMB) du Medical Research Council (MRC) de l'Université de Cambridge[3],[4] et membre émérite du Wolfson College de Cambridge[5],[6],[7],[8].
Éducation
[modifier | modifier le code]Chothia fait ses études à l'école d'Alleyn[9] puis part étudier à l'Université de Durham, obtenant un baccalauréat en sciences en 1965. Il obtient ensuite une maîtrise en sciences au Birkbeck College en 1967 et un doctorat à l'University College London sous la supervision de Peter Pauling[10] le fils de Linus Pauling.
Recherche et carrière
[modifier | modifier le code]Après son doctorat, Chothia travaille au Laboratoire de biologie moléculaire (LMB) pendant trois ans puis avec Michael Levitt[11] à l'Institut Weizmann des Sciences[12],[13], suivi de deux ans avec Joel Janin à l'Institut Pasteur à Paris[14].
En 1976, Chothia retourne en Angleterre pour travailler à l'University College London et au LMB. Avec Arthur Lesk[15],[16] il montre que les protéines s'adaptent aux mutations par des changements de structure.
En 1992, il suggère que la plupart des protéines sont constituées de domaines provenant d'un petit nombre de familles[17]. Il collabore avec Alexey Murzin, Steven Brenner et Tim Hubbard (en) pour créer la base de données de classification structurelle des protéines (SCOP)[18],[19], un tableau périodique de toutes les structures protéiques connues. Avec Julian Gough, il crée la base de données Superfamily[20] qui utilise des modèles de Markov cachés pour identifier les séquences de protéines liées à celles de structures connues.
Chothia est élu membre de la Royal Society (FRS) en 2000. En 2015, Chothia est élu membre de la Société internationale de biologie computationnelle (ISCB)[21] et reçoit le prix d'accomplissement de l'ISCB par un scientifique senior en l'honneur de son travail sur l'utilisation de méthodes informatiques pour comprendre la structure des protéines[22].
Aux côtés de David Haussler et Michael Waterman, Chothia reçoit le prix Dan-David 2015 pour ses contributions au domaine de la Bio-informatique.
Références
[modifier | modifier le code]- ↑ « Wolfson College: Emeritus Fellow Dr Cyrus Chothia MA MSc FRS » [archive du 5 février 2012]
- ↑ « Cyrus Chothia (1942–2019) », 27 novembre 2019 (consulté le 27 novembre 2019)
- ↑ « Cyrus Chothia: The protein origins of biological complexity, LMB Emeritus » [archive du 15 février 2012]
- ↑ « Structural genomics and protein structure » [archive du 14 février 2015], Mrc-lmb.cam.ac.uk (consulté le 24 juin 2014)
- ↑ « cyrus chothia », Google Scholar (consulté le 24 juin 2014)
- ↑ Chothia, Lesk, Tramontano et Levitt, « Conformations of immunoglobulin hypervariable regions », Nature, vol. 342, no 6252, 1989, p. 877–883 (PMID 2687698, DOI 10.1038/342877a0, Bibcode 1989Natur.342..877C, S2CID 4241051)
- ↑ Lewis, Sillitoe, Andreeva et Blundell, « Genome3D: Exploiting structure to help users understand their sequences », Nucleic Acids Research, vol. 43, no Database issue, 2015, D382–6 (PMID 25348407, PMCID 4384030, DOI 10.1093/nar/gku973)
- ↑ Chothia, Gough, Vogel et Teichmann, « Evolution of the protein repertoire », Science, vol. 300, no 5626, 2003, p. 1701–3 (PMID 12805536, DOI 10.1126/science.1085371, Bibcode 2003Sci...300.1701C, S2CID 27681885)
- ↑ « Dan David Prize Awarded to Dr Cyrus Chothia » [archive du 23 mars 2015], Alleyn's School
- ↑ Chothia et Pauling, « On the conformations of hallucinogenic molecules and their correlation », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 63, no 4, 1969, p. 1063–1070 (PMID 4311249, PMCID 223427, DOI 10.1073/pnas.63.4.1063, Bibcode 1969PNAS...63.1063C)
- ↑ « Cyrus H. Chothia, Chemistry Tree » [archive du 27 février 2015]
- ↑ Chothia, Levitt et Richardson, « Structure of proteins: Packing of alpha-helices and pleated sheets », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 74, no 10, 1977, p. 4130–4134 (PMID 270659, PMCID 431889, DOI 10.1073/pnas.74.10.4130, Bibcode 1977PNAS...74.4130C)
- ↑ Levitt et Chothia, « Structural patterns in globular proteins », Nature, vol. 261, no 5561, 1976, p. 552–558 (PMID 934293, DOI 10.1038/261552a0, Bibcode 1976Natur.261..552L, S2CID 4154884)
- ↑ Sweet, Wright, Janin et Chothia, « Crystal structure of the complex of porcine trypsin with soybean trypsin inhibitor (Kunitz) at 2.6-A resolution », Biochemistry, vol. 13, no 20, 1974, p. 4212–4228 (PMID 4472048, DOI 10.1021/bi00717a024)
- ↑ Lesk et Chothia, « How different amino acid sequences determine similar protein structures: The structure and evolutionary dynamics of the globins », Journal of Molecular Biology, vol. 136, no 3, 1980, p. 225–270 (PMID 7373651, DOI 10.1016/0022-2836(80)90373-3)
- ↑ Lesk et Chothia, « Solvent accessibility, protein surfaces, and protein folding », Biophysical Journal, vol. 32, no 1, 1980, p. 35–47 (PMID 7248454, PMCID 1327253, DOI 10.1016/S0006-3495(80)84914-9, Bibcode 1980BpJ....32...35L)
- ↑ Chothia, « One thousand families for the molecular biologist », Nature, vol. 357, no 6379, 1992, p. 543–4 (PMID 1608464, DOI 10.1038/357543a0, Bibcode 1992Natur.357..543C, S2CID 4355476)
- ↑ Hubbard, Murzin, Brenner et Chothia, « SCOP: A structural classification of proteins database », Nucleic Acids Research, vol. 25, no 1, 1997, p. 236–239 (PMID 9016544, PMCID 146380, DOI 10.1093/nar/25.1.236)
- ↑ « UK government grants awarded to Cyrus Chothia » [archive du 15 octobre 2014], Research Councils UK
- ↑ Gough et Chothia, « SUPERFAMILY: HMMs representing all proteins of known structure. SCOP sequence searches, alignments and genome assignments », Nucleic Acids Research, vol. 30, no 1, 2002, p. 268–272 (PMID 11752312, PMCID 99153, DOI 10.1093/nar/30.1.268)
- ↑ Fogg et Kovats, « Message from the ISCB: 2015 ISCB Accomplishment by a Senior Scientist Award: Cyrus Chothia », Bioinformatics, vol. 31, no 13, 2015, p. 2238–9 (PMID 26002905, DOI 10.1093/bioinformatics/btv218)
- ↑ « Meet the ISCB Fellows Class of 2015 » [archive du 20 février 2015] (consulté le 15 février 2015)
Liens externes
[modifier | modifier le code]
- (en) Site officiel
- Ressources relatives à la recherche :
