Bgee
Bgee ist eine Datenbank, die vom Schweizer Institut für Bioinformatik (SIB) und der Universität Lausanne zur Abfrage und zum Vergleich von Genexpressionsmustern aus RNA-Seq-, scRNA-Seq-, Microarray-, In-situ-Hybridisierung- und EST-Studien über verschiedene biologische Spezies aus dem Reich der Tiere gepflegt wird. Bgee gibt eine Antwort auf die Frage, wo ein Gen exprimiert wird, und unterstützt die Forschung in den Bereichen Krebs und Landwirtschaft sowie in der Evolutionsbiologie. Bgee basiert ausschliesslich auf kuratierten, gesunden Wildtyp-Expressionsdaten (d. h. keine Gen-Knockouts, keine Behandlung, keine Krankheit), um einen vergleichbaren Referenzwert für die Expression gesunder Wildtyp-Gene bereitzustellen. Bgee liefert Aussagen über Vorhandensein/Abwesenheit von Expression sowie über differentielle Über-/Unterexpression, integriert mit Informationen zur Genorthologie, und zur Homologie zwischen Organen. Dies ermöglicht Vergleiche von Expressionsmustern zwischen Arten und ermöglicht die Suche nach Genen, Organen / Geweben / Zelltypen und Entwicklungsstadien. Bgee ist Teil der Global Core Biodata Resources (GCBRs). Bgee ist auch eine der Elixir Recommended Interoperability Resources, die die FAIR-unterstützenden Aktivitäten in der wissenschaftlichen Forschung fördert.
| Bgee | |
 | |
| Manuelle Anmerkung für jedes Experiment | |
| Genexpression zwischen verschiedenen Arten und Bedingungen | |
| Sprachen | Englisch |
|---|---|
| Online | seit Juni 2007 |
| https://www.bgee.org/ | |
Bgee ist eine Datenbank, die vom Schweizer Institut für Bioinformatik (SIB) und der Universität Lausanne zur Abfrage und zum Vergleich von Genexpressionsmustern aus RNA-Seq-, scRNA-Seq-, Microarray-, In-situ-Hybridisierung- und EST-Studien über verschiedene biologische Spezies aus dem Reich der Tiere gepflegt wird.[1][2] Bgee gibt eine Antwort auf die Frage, wo ein Gen exprimiert wird, und unterstützt die Forschung in den Bereichen Krebs und Landwirtschaft sowie in der Evolutionsbiologie.
Bgee basiert ausschliesslich auf kuratierten, gesunden Wildtyp-Expressionsdaten (d. h. keine Gen-Knockouts, keine Behandlung, keine Krankheit), um einen vergleichbaren Referenzwert für die Expression gesunder Wildtyp-Gene bereitzustellen.
Bgee liefert Aussagen über Vorhandensein/Abwesenheit von Expression sowie über differentielle Über-/Unterexpression, integriert mit Informationen zur Genorthologie, und zur Homologie zwischen Organen. Dies ermöglicht Vergleiche von Expressionsmustern zwischen Arten und ermöglicht die Suche nach Genen, Organen / Geweben / Zelltypen und Entwicklungsstadien.
Bgee ist Teil der Global Core Biodata Resources (GCBRs). Bgee ist auch eine der Elixir Recommended Interoperability Resources, die die FAIR-unterstützenden Aktivitäten in der wissenschaftlichen Forschung fördert.
Literatur
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- Anne Niknejad, Christopher J. Mungall, David Osumi-Sutherland, Marc Robinson-Rechavi, Frederic B. Bastian: Creation and unification of development and life stage ontologies for animals. Hrsg.: Cornell University. 24. Juni 2022, arxiv:2206.12231 (englisch).
- Andrea Komljenovic, Julien Roux, Julien Wollbrett, Marc Robinson-Rechavi, Frederic B. Bastian: BgeeDB, an R package for retrieval of curated expression datasets and for gene list expression localization enrichment tests. In: F1000Research. Band 5, 2018, S. 2748, doi:10.12688/f1000research.9973.2, PMID 30467516, PMC 6113886 (freier Volltext) – (englisch).
- Melissa A. Haendel, James P. Balhoff, Frederic B. Bastian, David C. Blackburn, Judith A. Blake, Yvonne Bradford, Aurelie Comte, Wasila M. Dahdul, Thomas A. Dececchi, Robert E. Druzinsky, Terry F. Hayamizu, Nizar Ibrahim, Suzanna E. Lewis, Paula M. Mabee, Anne Niknejad, Marc Robinson-Rechavi, Paul C. Sereno, Christopher J. Mungall: Unification of multi-species vertebrate anatomy ontologies for comparative biology in Uberon. In: J Biomed Semantics. Band 5, 2014, S. 21, doi:10.1186/2041-1480-5-21, PMID 25009735, PMC 4089931 (freier Volltext) – (englisch).
Weblinks
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- Bgee is a new ELIXIR Recommended Interoperability Resources. ELIXIR, 14. Dezember 2023 (englisch).
- Bgee joins the Global Core Biodata Resources. GCB Global Biodata Coalition, 11. Dezember 2023 (englisch).
- About Bgee. SIB Swiss Institute of Bioinformatics, 4. Januar 2021 (englisch).
Einzelnachweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- ↑ F. B. Bastian, G. Parmentier, J. Roux, S. Moretti, V. Laudet, M. Robinson-Rechavi: Data Integration in the Life Sciences (= Lecture Notes in Computer Science. Band 5109). 2008, ISBN 978-3-540-69827-2, Bgee: Integrating and Comparing Heterogeneous Transcriptome Data Among Species, S. 124–131, doi:10.1007/978-3-540-69828-9_12 (englisch).
- ↑ F. B. Bastian, J. Roux, A. Niknejad, A. Comte, S. S. Fonseca Costa, T. Mendes de Farias, S. Moretti, G. Parmentier, V. Rech de Laval, M. Rosikiewicz, J. Wollbrett, A. Echchiki, A. Escoriza, W. Gharib, M. Gonzales-Porta, Y. Jarosz, B. Laurenczy, P. Moret, E. Person, P. Roelli, K. Sanjeev, M. Seppey, M. Robinson-Rechavi: The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals. In: Nucleic Acids Research. Band 49, D1, Januar 2021, S. D831–D847, doi:10.1093/nar/gkaa793, PMID 33037820, PMC 7778977 (freier Volltext) – (englisch).