AMBER
Assisted Model Building with Energy Refinement (AMBER) ist ein Programm für molekulardynamische Berechnungen (MD) von (biologischen) Makromolekülen wie Proteinen und DNA. Weiterhin wird mit AMBER eine Reihe von Kraftfeldern in Verbindung gebracht.
| AMBER | |
|---|---|
| Basisdaten
| |
| Entwickler | University of California, San Francisco: Peter Kollman, David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker |
| Erscheinungsjahr | 2002 |
| Aktuelle Version | 24[1] (30. April 2024) |
| Betriebssystem | Unix (Linux[2]), MacOS[2][3] und Cygwin[2] |
| Programmiersprache | C, C++ und Fortran 90[4] |
| Kategorie | Simulationssoftware |
| Lizenz | Amber: proprietär (Industrie: $20.000[5]; Hochschulen: $500[5]) AmberTools: GPL, public domain, andere open-source |
| deutschsprachig | nein |
| ambermd.org | |
Assisted Model Building with Energy Refinement (AMBER) ist ein Programm für molekulardynamische Berechnungen (MD) von (biologischen) Makromolekülen wie Proteinen und DNA. Weiterhin wird mit AMBER eine Reihe von Kraftfeldern in Verbindung gebracht.
AMBER-Kraftfeld
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Das Kraftfeld AMBER ist neben den CHARMM- und GROMOS-Kraftfeldern heute eines der am meisten verwendeten und wird von einer Reihe von weiteren Programmen wie beispielsweise NAMD unterstützt.[6] Die Kraftfelder werden dabei kostenlos mit AmberTools zum Download bereitgestellt.
Weblinks
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- AMBER-Website (englisch)
- Amber16 und AmberTools17 Manual (englisch)
- AMBER-Tutorials (englisch)
- VMD (englisch) – Visualisierung von AMBER-Trajektorien
Einzelnachweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- ↑ Amber24: pmemd and pmemd.CUDA. 29. April 2025.
- ↑ a b c Amber 2017 Reference Manual. (PDF) Abgerufen am 29. Juli 2017.
- ↑ AmberTools17 is now available. Abgerufen am 29. Juli 2017.
- ↑ Download Amber MD. Abgerufen am 10. Januar 2019.
- ↑ a b How to obtain the Amber16 program package. Abgerufen am 25. Juni 2017.
- ↑ James C Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart, Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D Skeel, Laxmikant Kale, Klaus Schulten: Scalable molecular dynamics with NAMD. In: Journal of Computational Chemistry. Band 26, Nr. 16. Wiley Online Library, 2005, S. 1781–1802, doi:10.1002/jcc.20289.